Soluciona en R «The following objects are masked from ‘package:XXX’:

Es posible que alguna vez, al cargar paquetes con R, nos encontremos el mensaje «The following objects ara masked from ‘package:XXX’ «. Nos os preocupéis, porque todo tiene solución.

Esta advertencia, nos informa que la librería a cargar en cuestión tiene algunos objetos o funciones que comparten el mismo nombre que base-r y la biblioteca de estadísticas de R. De modo que si se aplica uno de estos objetos o funciones se referirá a la función XXX y no a base-r o stats.

Esto es porque R busca en la ruta para encontrar las funciones y usará la primera que encuentre, por ejemplo:

search()
## [1] ".GlobalEnv" "package:assertive" "package:testthat"
## [4] "tools:rstudio" "package:stats" "package:graphics"
## [7] "package:grDevices" "package:utils" "package:datasets"
## [10] "package:methods" "Autoloads" "package:base"

Para poder utilizar funciones enmascaradas, habrá que invocar el paquete seguido de :: y del nombre de la función así:

testthat::is_true
## function () 
## {
##     function(x) expect_true(x)
## }
## <environment: namespace:testthat>

Si únicamente estamos ejecutando un script, que nos aparezca un warning, no tiene más incomodidad que aparezca el mensaje, pero, ¿Y si estamos desplegando una aplicación shiny? Esto es lo que me aparece con el paquete plotly al cargarlo en shinyapps.io :

Error Shiny

Pero tiene, solución, únicamente debemos de ocultar dicho mensaje al cargar la librería:

suppressPackageStartupMessages(library(plotly))

Y de este modo, conseguiremos que pueda funcionar la aplicación Shiny, en mi caso la podéis ver aquí.

Fuentes:


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